En El verano en que Hikaru murió, la historia gira en torno a una amistad que parece simple en la superficie, pero que poco a poco se vuelve inquietante.
Yoshiki Tsujinaka continúa su vida diaria junto a su mejor amigo, aferrándose a la rutina compartida en el pueblo. Hikaru Indo sigue a su lado, actuando como siempre, aunque hay algo en él que ya no pertenece del todo a lo humano.
Entre ambos, lo cotidiano empieza a deformarse, y lo que era una amistad de infancia se convierte en algo difícil de nombrar.